鸡蛋需要煮八分钟左右（喜欢吃全熟的水煮蛋时间可以控制在十分钟），如果鸡蛋煮的时间过久，营养会流失。而且还会有难闻的硫的气味。另外要注意的是，把鸡蛋从锅里拿出来后要立即用凉水冷却，否则残余的温度会让蛋继续加热而变老。
不同煮沸时间的鸡蛋，在人体内消化时间是有差异的。“3分钟鸡蛋”是微熟鸡蛋，最容易消化，约需1小时30分钟；“5分钟”鸡蛋是半熟鸡蛋，在人体内消化时间约2小时；煮沸时间过长的鸡蛋，人体内消化要3小时15分。
沸腾的水会让鸡蛋在锅里四下翻滚，很容易把蛋壳撞碎，甚至蛋白都露出来。鸡蛋中的蛋白质凝固变性，并不需要很高的温度，通常60℃—87℃就可以，而沸水的温度能达到100℃。如果用沸水煮，蛋白可能就老得跟橡皮一样。所以煮蛋的时候，应该开盖，让水微微冒泡，而不是沸腾。
如果鸡蛋在沸水中煮超过10分钟，内部会发生一系列的化学变化。蛋白质结构变得更紧密，不容易与胃液中蛋白质消化酶接触，所以较难消化。蛋品中蛋白质含有较多的蛋氨酸，经过长时间加热后，它会分解出硫化物，它与蛋黄中的铁发生反应，形成人体不易吸收的硫化铁，营养损失较多。